თარიღდება ადრინდელი ფეოდალური ხანით. ანტიკურ ხანაში იგი უფლისციხის სასოფლო-სამეურნეო, გარეუბანი იყო. ისტორიულ წყაროებში ქვახვრელი პირველად მოხსენიებულია XI საუკუნეში, ფეოდალური საქართველოს გაერთიანებისათვის ბრძოლის პერიოდში. ქვახვრელი მნიშვნელოვანი დასახლება ყოფილა. ძველი სოფელი ნაწილობრივ გადაფარულია თანამედროვე დასახლებით. XVIII საუკუნეში ქვახვრელის მიდამოებში სომეხთა მიგრაცია დაიწყო, რაც მოწმობს გამოქვაბულის კედლებზე 17 ხაჩკარის ამოკვეთა მათ მიერ.