ბნელეთის ღვთისმშობლის ეკლესის ნაგებობა სამეკლესიიანი ბაზილიკაა (11,5X10,2 მ), ნაგებია ნატეხი ქვით, პერანგი შირიმის ქვისაა. ეკლესია ახლა თითქმის მთლიანად მიწაშია ჩამჯდარი. თავდაპირველად აქ ერთი ეკლესია მდგარა. შემდეგ მისთვის ჩრდილოეთით და სამხრეთით მთელ სიგრძეზე თითო უფრო დაბალი, აფსიდიანი ეკლესია (ეგვტერი) მიუშენებიათ. შესასვლელი სამხრეთ კედელშია, აქედან შეიძლება ეკლესიის სამივე ნაწილში მოხვედრა. შუა დარბაზი მოზრდილია. აქ სარკმლები აღმოსავლეთით, დასავლეთით და სამხრეთითაა. გადახურვა კამაროვანია. დარბაზში შემორჩენილია მოხატულობის ფრაგმენტები.