ბოდორნის ღვთისმშობლის ეკლესიის სამხრეთი ფასადის წარწერის მიხედვით, ადრე ამ ადგილას მდგარი დანგრეული ეკლესია, 1417 წელს არაგვის ერისთავის შვილს მიტროფანეს და სახლთუხუცეს ქაიყუბათ კობიაშვილს განუახლებიათ. მოგვიანებით, XVI-II საუკუნის შუა ხანებში, ქაიყუბათის შვილმა ეკლესიისთვის სამხრეთიდან მცირე სამლოცველო მიუშენა, რომელიც ამჟამად აღარ არსებობს. 1912 წელს ეკლესია საფუძვლიანად შეაკეთეს.